1982年夏，为适应国内外形势发展、加快军队现代化建设的步伐，中央军委在进行军队体制改革、精简整编的同时，对部队大单位领导班子进行了一次大幅度调整。在这次调整中，中央军委经过慎重考虑，任命刘华清为中国人民解放军海军司令员。中共十二大开幕的当天，邓小平将军委的这一决定告诉了刘华清。
这天，中共十二大在人民大会堂开幕。被选为大会主席团成员的刘华清，一早便提前赶到人民大会堂南大厅等候入场。邓小平从他身边走过时，有意放缓脚步，像是打招呼似的轻声说：“你还是回海军工作。海军问题不少，要整顿！”刘华清不由得一怔，马上意识到：看来海军班子调整，军委已研究过，去海军的事已经定了！
“文化大革命”期间，海军是部队中人所共知的“重灾区”。由于林彪、“四人帮”直接插手，海军部队从思想作风到实际工作，都遭受了严重破坏。特别是海军党委、机关，长期分线划派、矛盾重重，致使许多重大问题议而不决，决而不行。1982年10月，刘华清从海军机关大院作风纪律整顿入手，揭开了海军全面整顿的序幕。
在此后两年多时间里，海军遵照邓小平“海军要整顿”的指示，由机关而部队基层，先后进行了组织整顿、思想整顿、业务整顿、安全整顿、军容和库容整顿。同时，还搞了财务、营房大检查，进行了医院和工厂的�